編集バーのゴミ箱ボタンで不要なコンテンツを削除したら、他のブロック内からも削除されてしまった

トラブルではありません。

削除したい場合は、該当のコンテンツをクリック、編集バーゴミ箱マークを押下すると削除されますが、下記の点にご注意ください。

○各項目の「表示詳細設定」で、複数の箇所に設置している場合
例)PC・スマートフォンのグローバルナビ/サイドメニュー/トップページ 携帯サイトのグローバルナビ/トップページ 複数の個所で表示するよう設定している
→この場合、ひとつの表示箇所で削除することにより全ての箇所で削除されてしまいます。

例えば、PC・スマートフォンのサイドメニューでの表示を削除したい場合は、各項目の「表示詳細設定」のPC・スマートフォンのサイドメニューの表示ボタンのチェックを外してください。
もしくは、単純に非表示にしたい場合は、該当のコンテンツをクリック、編集バー目のマークを押下すると非表示になります。

詳細はオンラインマニュアルをご参照ください。

■コンテンツの並び替えや非表示、削除を行う
こちらよりご参照ください。